El Fondo de Desastres Naturales (FONDEN), fue señalado por autoridades mexicanas como un mecanismo ineficiente, burocrático y poco transparente, que no garantizaba una respuesta rápida ante emergencias.

De acuerdo a la Secretaria de Anticorrupción y Buen Gobierno, Raquel Buenrostro, bajo este esquema la liberación de recursos para la atención de emergencias tardaba 42 días hábiles, además de que los gobiernos estatales debían aportar el 50% del financiamiento para que la federación liberara la otra mitad. Lo que generaban retrasos en la atención de la población afectada y abrían espacio para irregularidades.

Auditorías históricas revelaron múltiples desvíos y mal uso de recursos, por ejemplo, con Vicente Fox (2005) se detectaron compras sobrevaloradas de insumos médicos, observaciones de 182 mdp y renuncia de la coordinadora de Protección Civil.

Con Felipe Calderón (2010-2011), las auditorias revelaron fondos no reintegrados en Veracruz, desvío de 215.5 mdp en Tabasco para cubrir déficit estatal y cancelación de obras de infraestructura.

Mientras que con Enrique Peña Nieto (2013-2017) se encontraron retrasos de hasta 119 días en iniciar obras tras huracanes, sobreejercicios presupuestales, reconstrucción incompleta de viviendas y hospitales, y pagos irregulares por 90 mdp. En Morelos se usó el Fonden en lugar del seguro, tras el sismo del 19 de septiembre.

De acuerdo a la funcionaria la opacidad y los retrasos del FONDEN contrastan con el modelo implementado en el sexenio de Andrés Manuel López Obrador, donde la ayuda se entrega directamente a la población, garantizando rapidez y transparencia en la atención de desastres naturales. Ejemplos recientes incluyen la atención a 301 mil personas tras el Huracán Otis (2023) y 143 mil tras el Huracán John (2024).

Autoridades subrayan que estas deficiencias históricas del FONDEN muestran cómo la burocracia y la falta de supervisión podían entorpecer la ayuda humanitaria, retrasando la atención y generando oportunidades de corrupción en momentos críticos para la población.